ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,染色质易开放区域测序)是2013年由美国Stanford大学的William Greenleaf教授研发了一种全新的方法,利用DNA转座酶结合高通量测序技术,来研究染色体的可进入性。ATAC-seq的原理是,染色质易开放区域测序)利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域,并加上测序引物进行高通量测序,通过生物信息分析鉴定转录因子结合位点和核小体区域位置,从而为研究基因调控、DNA 印记等提供有效的方法。通过研究特定状态下开放染色质,可以在DNA水平研究基因转录调控。
传统的寻找全基因组范围内开放的染色质区域采用的方式包括ATAC-seq、MNase-seq和DNase-seq,FAIRE-seq、chip-seq等。10x Genomics Chromium Single Cell ATAC Solution(10X scATAC-seq)是10 X Genomics新推出单细胞表观基因组学水平上揭示染色质可接近性的研究策略。通过单细胞染色质可接近性图谱构建,不仅能清晰了解染色质结构,还可以绘制高分辨率转录因子调控网络,为深入了解疾病的诊断和治疗铺平道路。
Buenrostro J D , Corces M R , Lareau C A . Integrated Single-Cell Analysis Maps the Continuous Regulatory Landscape of Human Hematopoietic Differentiation.[J]. Cell, 2018.
Buenrostro J D , Corces M R , Lareau C A . Integrated Single-Cell Analysis Maps the Continuous Regulatory Landscape of Human Hematopoietic Differentiation.[J]. Cell, 2018.