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单细胞转录组测序

10x 单内部ATAC-seq

ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,脱色质易开园部位测序)是2015年由澳大利亚Stanford社会的William Greenleaf教学科研开发了了种北京现代新款的枝术,凭借DNA转座酶根据mtk骁龙量测序枝术,来的论述分析脱色体的可步入性。ATAC-seq的基本原理是,脱色质易开园部位测序)凭借Tn5转座酶水刀切割脱色质的开园部位,并打上去测序引物来进行mtk骁龙量测序,完成菌物相关信息探讨鉴定会转录指数公式根据位点和核小体部位选址,最终得以为的论述分析基因遗传遗传调空、DNA 红色印记等展示 能否有效的枝术。完成的论述分析其他动态下开园脱色质,能否在DNA水准的论述分析基因遗传遗传转录调空。
 
老式的搜索全人类表观遗传组的范围内放开的脱色质地区使用的方式英文有ATAC-seq、MNase-seq和DNase-seq,FAIRE-seq、chip-seq等。10x Genomics Chromium Single Cell ATAC Solution(10X scATAC-seq)是10 X Genomics新退出单神经生殖细胞表观人类表观遗传组学总体水平上探求脱色质可配近性的探索政策。借助单神经生殖细胞脱色质可配近性图谱搭建,仅仅能比较清楚熟知脱色质组成部分,还能能建模夺判断率转录指数公式调空互联网,为深化熟知妇科疾病的珍断和根治刮平旅程。
 
技木优势与劣势

可检测单细胞转录调控区域中的开放染色质
每个通道可容纳500-10000个细胞核
细胞核捕获率高达65%
运用10x官方软件和工具,可对单细胞基因调控网络进行精细化分析


代表人性短文

Buenrostro J D , Corces M R , Lareau C A . Integrated Single-Cell Analysis Maps the Continuous Regulatory Landscape of Human Hematopoietic Differentiation.[J]. Cell, 2018.
 
情况动态展示

携手区别单癌细胞浅析技術画制科学家造血体系细分的陆续调谱

研究背景

造血分化 是从造血干细胞分化为具有不同功能的细胞过程,在成人中主要发生在骨髓,最终产生淋巴系细胞(B,T,NK cell),髓系-粒系(monocyte, granulocyte),红系(Ery,mega)等细胞类型,是研究干细胞分化、肿瘤免疫、血液疾病等的良好模型。造血分化过程是一个复杂、多阶段的,受多种因子调控的过程,单细胞表观基因组分析有助于解析造血干细胞转录和细胞命运异质性的顺式和反式调节机制。

研究思路

首先利用scATAC-seq数据从chromatin accessibility入手,分析造血分化过程染色质开放状态图谱的异质性;用ChromVAR R包预测TF的活动;采用多种聚类方法,如通过TF Z scores利用Hierarchical clustering 和t-SNE聚类,并采用了reference guided approach,基于bulk sample和算法对单细胞数据进行降维聚类分析;整合scRNA-seq 和scATAC-seq数据分析TF与chromatin accessibility,以及顺式调控元件和邻近基因的表达的相互关系。

研究结果

研究人员通过单细胞ATAC-Seq的研究策略,分析了10类已定义的人类造血系统分化细胞类型中染色质可接近性的数据,构建造血细胞分化中染色质可接近性状态的变化轨迹;并整合单细胞转录组数据,构建了转录因子动态调控轨迹。

 



 
从单组织RNA-seq和ATAC-seq的合并解析展示 了对猿类造血工作任务的调结本质特征和最新的认知,在科学试验或计算出来上合并很多多样单组织数据报告的类型的进每一步调整将为健康或疫情组织人的一生运势管理展示 单组织品质上的视距。成就感发展的工作任务组合单组织表观人类基因组学、转录组学、蛋清质组学和谱系估测行体现对打火调结很多多样组织人的一生运势转为的调结要素的氧分子逻辑和周期程序的极为重要认知。
 
参看文献资料

Buenrostro J D , Corces M R , Lareau C A . Integrated Single-Cell Analysis Maps the Continuous Regulatory Landscape of Human Hematopoietic Differentiation.[J]. Cell, 2018.
 
結果展现出

1. 细胞聚类

Cell Ranger ATAC 利用每个细胞的peaks 信息,运行cluster mode 对这些细胞进行分群。经tSNE 降维算法,得到细胞聚类的二维结果。

 

2. 数据文件可视化管理

10X genomics公司提供的专门的分析结果查看软件-Loupe Cell Browser,该软件是一个图形界面的软件,操作非常的方便。可以用于以下应用:1.确定细胞类型: 使用可及性模式发现能够区分不同细胞类型和功能组别的启动子和转录因子motif;2.分析可及性差异: 使用ATAC Peak Viewer 定位具有假定调节功能的不同可访问基因组区域的位置;3.发现显著性特征: 创建自定义聚类并使用差异可及性分析工具精准识别数据中的细胞组别;4.共享数据结果: 保存感兴趣的信息,导出数据表,并获取单细胞ATAC数据的屏幕截图。

 
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